二周目通关阵容的核心在于属性平衡与角色专精。敌方训练家的等级和阵容强度显著提升，单一强力宝可梦难以应对所有挑战。队伍需覆盖多种属性以避免被克制，同时每只宝可梦应明确分工，例如坦克型、输出型或辅助型。坦克型推荐宝石海星或大钢蛇，能有效吸引火力；物理输出可选择火暴兽或电击兽，特殊输出则考虑妙蛙花与水箭龟；辅助型如蝴蝶精和乌鸦头头能提供控场能力。速度优势与战术调整是战斗关键，高速宝可梦能抢占先手，而灵活切换阵容可化解敌方攻势。
构建阵容时需考虑敌方常见属性组合。面对水火属性为主的对手，草系宝可梦能同时克制两种属性，例如妙蛙花的植物属性攻击可针对水系，特殊攻击则能打击火系。电系宝可梦如雷丘能有效应对水系和飞行系，其高速特性也适合先发制人。地面系和岩石系宝可梦可对抗电系和火系，但需注意避开水系攻击。超能力系宝可梦在对抗毒系和格斗系时表现突出，但需防范虫系和幽灵系的克制。
幽灵塔等特定区域会出现大量幽灵系宝可梦，携带恶系或幽灵系攻击技能至关重要。火箭队基地的敌人偏好使用毒系和地面系，地面系宝可梦配合冰系技能能有效压制。七岛任务中水系和飞行系敌人频繁出现，电系与岩石系宝可梦将成为主力。遇到卡比兽等高防御目标时，格斗系技能能快速突破其防御。
每只宝可梦应配备本系技能以提升伤害，同时补充覆盖盲点的技能。变化类技能如催眠粉和电磁波能创造输出机会，强化类技能如剑舞可提升爆发能力。道具选择应以弥补弱点为主，例如气息腰带能保证关键输出，剩饭适合坦克型宝可梦持久作战。技能机应优先分配给核心输出手，确保其能应对多种战斗情境。
道馆馆主重赛和四天王挑战是检验阵容平衡性的有效方式，能暴露属性覆盖不足或速度短板。野生原野区的不同地形可测试阵容适应性，尤其是水系和岩石系混合区域。与劲敌的多次战斗能评估对快攻阵容的防御能力。根据测试结果微调宝可梦个体值或技能配置，最终形成稳定通关的阵容体系。
