玩家可以操控的武将主要分为魏、蜀、吴、群雄四大阵营，每个阵营都有独特的核心武将和技能体系。游戏中的武将品质从N、R、SR到SSR甚至更高，品质越高基础属性和技能效果越强，但低品质武将在特定搭配下也能发挥作用。可操控的武将包括输出型、防御型、辅助型和控制型，玩家需要根据阵容需求和战斗场景灵活选择。
游戏中的核心输出型武将以蜀国关羽、马超，魏国典韦、夏侯惇，吴国孙坚、吕蒙为代表，这些武将拥有高爆发伤害或持续输出能力。辅助型武将如蜀国刘备、群雄华佗，擅长治疗和增益效果；控制型武将如魏国曹操、蜀国诸葛亮，能通过眩晕、沉默等技能限制敌方行动。部分武将如姜维、吕布具备复合型能力，既能输出又可提供团队增益。
武将的操控性不仅体现在技能释放上，还与其兵种、阵型和兵符搭配密切相关。例如骑兵适合冲锋突袭，弓兵擅长远程压制，而步兵则侧重防御。玩家可通过推衍兵阵系统调整武将站位，利用锋矢阵强化输出或长蛇阵提升生存能力。兵符系统如凤鸣符战象符能激活合击技能，进一步扩展战术组合。
通过升级、进阶、升星可提升基础属性，技能等级强化直接影响战斗效果。装备方面需优先强化高星级武器，套装效果如烈焰套能提供额外加成。资源有限时建议集中培养主力武将，同时保留部分资源应对阵容转型需求。重生功能可返还培养材料，方便玩家调整发展方向。
随着版本更新，游戏陆续加入了赤金、虹金等新品质武将，如赤金小乔、虹金公孙瓒等，这些武将拥有更复杂的技能机制和变身系统。操控这类武将需注意技能联动，例如小乔的心火灵火状态叠加，或公孙瓒的冲阵齐射被动触发时机。版本强势武将往往需要通过限时活动获取，玩家需关注游戏内公告。
少年三国志2的武将操控体系融合了角色养成与策略搭配，不同阵营和品质的武将各有定位。玩家需要平衡即时操作与长期培养，通过实战测试阵容强度并及时调整战术。游戏定期推出的新武将和平衡性更新，也为战术研究提供了持续拓展空间。
