舰船的独立操控是游戏核心玩法之一。玩家可以通过计划圈系统对舰队下达精确指令，包括移动、攻击、采集等行动。每项指令需消耗策略值，而策略值的上限和恢复速度决定了操作频率。舰队在计划圈内的行动遵循曲率航行规则，若计划圈内存在己方建筑或舰队，后续舰船可激活曲率坐标实现加速移动。需计划圈被敌方摧毁后曲率航行功能将失效，因此需实时监控计划圈状态。
舰船操控的灵活性体现在多指令协同上。工程船可被单独指派至资源点采集，而战斗舰队可同时执行巡逻或攻击任务。前哨站等建筑能替代部分计划圈功能，减少策略值消耗。建筑的计划圈范围内无需重复部署舰队即可直接行动，这种设计优化了资源采集与军事行动的效率。但建筑计划圈与敌方势力范围重叠时会触发警告机制，需警惕潜在冲突。合理利用建筑计划圈是中期发展的关键策略。
战斗指令的独立操控需要关注舰船属性和编队逻辑。不同舰种对指令的响应存在差异，例如护卫舰机动性高但火力较弱，适合执行侦察或骚扰任务；战列巡洋舰火力强劲但移动缓慢，更适合定点防御或攻坚。舰队编组时需平衡舰种比例，避免因单一舰种过多导致战术僵化。指令系统中增援功能允许五艘以下舰船快速加入战场，但会改变原有航行模式，需谨慎使用。
高阶操控涉及对中立设施的对接与利用。舰船维护设施能提升基地维修效率，矿业采集站可加快资源采集速度，这些设施需通过前哨站对接生效。对接后玩家能获得额外增益，但需承担防御责任。工业加工站等敌对设施需足够规模的舰队才能攻占，独立操控时需评估战力差距。对接指令不适用于前哨站迁移，误操作可能导致资源链断裂。
舰船独立操控的终极目标是实现多线程操作。通过合理分配策略值，玩家可同时执行资源采集、基地防御、对外扩张等行动。曲率航行与常规航行的切换需结合战场态势，例如紧急撤退时应优先选择曲率航行避免拦截。后期发展依赖对计划圈、建筑、中立设施三者的联动控制，任何单一系统的疏忽都可能影响整体运营效率。这种多维度的操控体系构成了无尽的拉格朗日独特的策略深度。
