原神小岛秘境的解锁方法主要分为完成前置世界任务、挑战机关解谜、炮击地形破坏、元素方碑激活、限时挑战通关五类，不同秘境对应不同的解锁逻辑，需按步骤完成前置条件才能开启入口。
稻妻八酝岛的阵代屋敷，需先完成世界任务远吕羽氏遗事系列，待八酝岛南部雷暴消散、天气转晴后，前往秘境门口跟随仙灵找到四个火把，用火元素角色依次点燃，再启动门前的方块机关，秘境便会从岩石中显现，靠近即可解锁。鹤观岛的茂知之壳秘境，解锁核心是完成三个雷元素挑战，秘境旁有三个上锁的雷石碑，每个石碑对应一处传送门，通过传送门抵达小岛后，分别完成120秒内引爆六个炸药桶、80秒内击败两只雷铠丘丘王、120秒内收集九个雷微粒的挑战，成功后激活对应石碑，全部激活后秘境大门自动开启。
踏鞴砂右侧的借景之馆，需先完成踏鞴物语任务链，再找到神居岛崩炮装置，携带雷种子操作大炮，调整角度轰击秘境所在的山体屏障，看到远处闪光即为命中，多次炮击后山体被轰开，秘境入口显露，抵达门口即可解锁。纳塔盗炎者的秘岛，则要依次完成四项恐龙形态挑战，先在指定点位变身尤姆卡龙关闭光之闸门，再变身特佩特龙攀爬悬崖，接着变身科哈拉龙穿越水域关闭剩余闸门，最后击败两波大灵化身敌人，完成所有挑战并开启豪华宝箱后，秘境与岛屿在地图上同步解锁。
部分小岛秘境还需结合元素机关与场景互动解锁，比如清籁丸附近的池中宅邸，要先调整岛上的元素指针机关，再用对应元素激活方碑，触发水位下降机制，露出水下的秘境通道；海祗岛的水下秘境，则需先完成净海之事主线，再按顺序调整圣尊位置的四个指针，用雷元素角色连击激活四块雷碑，等待水位下降后，穿越水下通道并按左、中、右顺序激活墙面开关，让石板升起形成通路，最终抵达秘境入口。解锁过程中，建议携带对应元素角色，雷元素应对雷系机关，火元素点燃火把，冰元素或水元素辅助跨岛，提升解谜效率。
