少年三国志2主线剧情中的敌方势力主要围绕三国时期的经典对立阵营展开，玩家在推进章节时会依次遭遇董卓军团、袁绍势力、曹操大军以及孙权与刘备的联盟等关键对手。这些势力在历史基础上进行了符合游戏世界观的艺术加工，例如董卓麾下的魔化吕布、曹操阵营的典韦与许褚等名将都会作为阶段性BOSS登场。游戏通过剧情对话和战斗设计强化了这些势力的压迫感，尤其在中后期章节中，敌方会展现出独特的兵符合击机制和属性克制策略，需要玩家针对性调整阵容。
主线章节推进，敌方势力的构成会从单一阵营转变为多方混战，例如赤壁之战前后将同时面对曹操水军与东吴联军的夹击。部分特殊关卡还会出现神秘第三方势力，比如利用三国志残卷魔化武将的黑衣组织，其成员拥有超越常规武将的技能效果，甚至能召唤时空裂隙中的强化兵种。这类敌人往往需要优先击杀召唤单位或破解其护盾机制，否则会大幅延长战斗回合数。
敌方势力的战术风格具有鲜明阵营特色，例如董卓军团偏好高爆发物理输出，袁绍势力擅长召唤增援，而曹操阵营则注重控场与减益叠加。在精英关卡中，敌方会激活特殊的缘分加成，例如同时上阵张辽与夏侯惇可触发五子良将效果提升全体防御。最终章节的终极BOSS并非传统三国人物，而是试图篡改历史的神秘人，其战斗分为多阶段形态，需要灵活切换输出与控制型武将应对。
游戏通过动态难度设计让敌方势力随玩家等级成长，早期章节的杂兵在后期会以强化形态回归。例如虎牢关的华雄在二十章后会进化为赤金品质，附带灼烧和吸血效果。这种设计既还原了历史战役的递进感，也避免了战力碾压导致的剧情割裂。部分敌方武将拥有专属变身机制，如血量低于30%时触发全属性提升，此时集中火力打断其变身吟唱是关键策略。
主线剧情的敌方势力本质上是对三国历史的解构与重组，在保留官渡、长坂坡等经典战役框架的同时，加入了魔化、时空穿越等奇幻元素。玩家需要关注敌方技能释放规律和阵型变化，例如后排谋士型敌人通常会优先施放群体减益，而前排坦克单位则附带反伤光环。合理利用合击技能破除敌方增益状态，是攻克高难度章节的通用法则。
